6 Eylül günü, Mithat Perin'in sahibi, Gökşin Sipahioğlu'nun yazı işleri müdürü olduğu, Demokrat Parti yanlısı İstanbul Ekspres gazetesi "Atamızın evi bombalandı" manşetiyle ikinci baskısını yaptı. Gazete, tirajı 20 bin civarında olduğu halde, 6 Eylül'de 290 bin basılmıştı. O dönemde kurulmuş olan Kıbrıs Türktür Derneği'nin üyeleri, o günkü sayıyı bütün İstanbul'da satmaya ve halkı galeyana getirmek üzere kullanmaya başladı.
Görgü tanıklarının ifadesiyle saat 19:00'da, Pangaltı'da, şu anda Ramada Oteli'nin yerinde bulunan ve Rum bir vatandaşın sahip olduğu, dönemin popüler mekânlarından Haylayf Pastanesi'ne yapılan saldırıyla başlayan olaylar, tüm İstanbul'a, oradan da yurda yayıldı.
Yıllar sonra, emekli orgeneral Sabri Yirmibeşoğlu, gazeteci Fatih Güllapoğlu'na verdiği bir röportajda, 6-7 Eylül olaylarını, "Mükemmel bir özel harp harekâtıydı, amacına da ulaştı" diye anlatacaktı. Selanik'teki bombalama olayının da Türkiye devleti tarafından tertiplenen bir kışkırtma olduğu, Yunanistan makamlarınca o günlerde ortaya çıkarıldı. Olayla ilgili olarak, Selanik Hukuk Fakültesi'nde burslu öğrenci olarak okuyan ve MİT ajanı olduğu belirtilen Oktay Engin ve Selanik Başkonsolosluğu Kavası Hasan Uçar yakalandı. Konsolosluk yetkilileri dokunulmazlıkları olduğu için yargılanamazken, Uçar ve Engin bir süre tutuklu kaldıktan sonra tahliye edildiler. Engin, daha sonraki dönemde MİT'te önemli görevlere getirildi, devlet kademelerinde hızla ilerledi, ve 1992'de Nevşehir Valiliği'ne kadar yükseldi.
Basına göre 11 kişi, bazı Yunan kaynaklarına göre 15 kişi öldürüldü. Resmi rakamlara göre 30 kişi, gayri resmi rakamlara göre 300 kişi yaralandı. Tecavüze uğrayan kadınların sayısının 200'ü aştığı tahmin ediliyor.
4 bin 214 ev, 1.004 işyeri, 73 kilise, bir sinagog, iki manastır, 26 okul ile aralarında fabrika, otel, bar gibi yerlerin bulunduğu 5 bin 317 mekân saldırıya uğramıştır.
Maddi hasarın, o günün değerine göre 150 milyon ile 1 milyar Türk Lirası arasında olduğu tahmin ediliyor. Demokrat Parti hükümeti, zarara uğrayıp tescil ettirenlere toplam 60 milyon Türk Lirası civarında tazminat ödemiştir.
Zamanın gazetelerine göre asıl suçlu, Türkleri provoke eden Rumlardır. Halbuki 6-7 Eylül olaylarının sadece Kıbrıs'la ilgili olarak Rumlara yapılmış bir misilleme olmadığının bir göstergesi, tahrip edilen işyerlerinin yüzde 59'u Rumlara aitken, yüzde 17'sinin Ermenilere, yüzde 12'sinin Yahudilere ait olması, hatta dönmelere ve Müslüman olmuş Beyaz Ruslara ait mekanların bile saldırıya uğramış olmasıdır.
Saldırıların kontrol edilememesi üzerine Başbakan Adnan Menderes Sapanca'dan çağrılır ve sıkıyönetim ilan edilir. Olaylarla ilgili olarak önce 3 bin 151 kişi tutuklanır, daha sonra bu sayı 5 bin 104'e yükselir.
Kiliseler ve mezarlıklara da saldırılır: Kiliselerin içindeki kutsal resimler, haçlar, ikonalar ve diğer kutsal eşyalar tahrip edilir, İstanbul'da bulunan 73 Rum Ortodoks kilisesinin tamamı ateşe verilir.
İzmit ve Adapazarı'ndan gelen yağmacılar, geri dönmek üzere Haydarpaşa istasyonuna geldiklerinde, üzerlerinde yağmaladıkları mallarla yakalanırlar. Yağmacıların büyük bir bölümünün başka şehirlerden getirildiği ortaya çıkar. Emekli hakim Amiral Fahri Çoker'in Tarih Vakfı'na bıraktığı belgelerde yer alan verilere göre, Sivas'tan 145, Trabzon'dan 117, Kastamonu'dan 116, Erzincan'dan 111 kişi getirilmiştir. (TK)
